انضمت الهيئة إلى برنامج كومباس (COMPASS) والذي أطلقته الوكالة الدولية للطاقة الذرية مع بداية العام 2021م. وهذا البرنامج يعد مبادرة جديدة أطلقتها الوكالة الدولية للطاقة الذرية تهدف لضمان فاعلية تطبيق الضمانات على المواد النووية من خلال العمل جنباً إلى جنب مع الدول المشاركة لرفع جاهزية الدول من خلال عمل تقييم ذاتي للدول من جانب تطبيق الضمانات وتطوير توصيات وخطط عمل تكفل تطوير القدرات الفنية والبشرية لأداء أعمال الضمانات وفق أفضل الممارسات العالمية التي توصي بها الوكالة الدولية للطاقة الذرية. وقد وقعت المملكة اتفاق الضمانات الشاملة وبروتوكول الكميات الصغيرة المرافق له بين المملكة والوكالة الدولية للطاقة الذرية وتمت المصادقة عليه بالأمر السامي رقم م/51 وتاريخ 11/08/1429هـ). وتعمل الهيئة وفق اختصاصها مع الجهات ذات العلاقة في المملكة لتحقيق عمل تكاملي والإيفاء بالتزامات المملكة الحالية ضمن هذا الاتفاق. ويعنى هذا الاتفاق بتطبيق ضمانات على جميع المواد النووية المستخدمة في جميع الأنشطة النووية السلمية داخل المملكة العربية السعودية من أجل التحقق من عدم تحريف هذه المواد لاستخدامات نووية غير سلمية.
وقد بادرت المملكة للمشاركة في هذا البرنامج ضمن مجموعة محدودة من الدول للمشاركة في المرحلة الأولى من هذا البرنامج. وتبرز مبادرة المملكة بالانضمام لهذا العمل وسعي المملكة للعمل مع الوكالة الدولية للطاقة الذرية لتعزيز تطبيق الضمانات الدولية ودعم الجهود في المساهمة في منع انتشار الأسلحة النووية، وهو النهج الذي تبنته المملكة منذ انضمامها لمعاهدة عدم انتشار الأسلحة النووية.