عملت الهيئة على تنفيذ خطتها الاستراتيجية التأسيسية للسنوات الثلاث (2021-2023م) لتحقيق الغاية الاستراتيجية "الحماية من أخطار الإشعاع المؤين مع تنظيم استخداماته المفيدة". وتتضمن الاستراتيجية فئتين من الأهداف الاستراتيجية التي تؤدي إلى تحقيق هذه الغاية.
- الفئة الأولى: هي تلك المتعلقة بالأعمال والوظائف الرقابية في إطار مسؤوليات الهيئة ومهامها.
- الفئة الثانية: هي الأهداف المُمكّنة من بناء قدرات الهيئة التي تحقق لها الوفاء بمهامها ومسؤولياتها.
ويبلغ مجموع أهداف هذه الاستراتيجية خمسة عشر هدفاً، وتم تحديد أكثر من خمسين مبادرة لتحقيقها.
