يتكون مجلس إدارة الهيئة من رئيس، يعين بأمر ملكي، و رئيس تنفيذي وخمسة أعضاء من المتخصصين وذوي الخبرة في المجالات ذات العلاقة بعمل الهيئة، يعينون بقرار من مجلس الوزراء. و يتولى المجلس الإشراف على إدارة شؤون الهيئة و تصريف أمورها، و يتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق أهدافها وفقاً لأنظمتها، وله بوجه خاص ما يأتي:
1. الإشراف على تنفيذها المهمات المنوطة بها.
2. إقرار السياسات العامة المتعلقة بنشاطها، و الخطط و البرامج اللازمة لتحقيقها.
3. اقتراح مشروعات الأنظمة ذات العلاقة باختصاصات الهيئة، و اقتراح تعديل المعمول به منها، ورفعها لاعتمادها وفق الإجراءات النظامية المتبعة.
4. إعتماد اللوائح الفنية الخاصة بالأنشطة و الممارسات المرافق.
5. إقرار اللوائح الإدارية و المالية و غيرها من اللوائح الداخلية.
6. إقرار الهيكل التنظيمي لها ورفعه لاعتماده وفق الإجراءات النظامية المتبعة.
7. الموافقة على إنشاء فروع ومكاتب لها داخل المملكة.
8. الموافقة على ميزانيتها السنوية، و حسابها الختامي و تقرير مراجع الحسابات و التقرير السنوي، تمهيداً لاعتمادها وفق الإجراءات النظامية.
9. أعتماد التقرير السنوي لنشاطاتها.
10. تحديد المقابل المالي للتراخيص التي تصدرها الهيئة و الخدمات و الأعمال التي تقدمها.
11. تعيين مراجع حسابات خارجي، ومراقب مالي داخلي.
12. اعتماد التقارير الدورية التي تقدم للمجلس عن سير أعمالها.