​​​​يتكون مجلس  إدارة الهيئة من رئيس، يعين بأمر ملكي، و رئيس  تنفيذي  وخمسة أعضاء من المتخصصين وذوي الخبرة في المجالات ذات العلاقة بعمل الهيئة، يعينون بقرار من مجلس الوزراء. و  يتولى المجلس الإشراف على إدارة شؤون الهيئة و تصريف أمورها، و يتخذ جميع القرارات اللازمة لتحقيق أهدافها وفقاً لأنظمتها، وله بوجه خاص ما يأتي:

1.    الإشراف على تنفيذها المهمات المنوطة بها.

2.    إقرار السياسات العامة المتعلقة بنشاطها، و الخطط و البرامج اللازمة لتحقيقها.

3.    اقتراح مشروعات الأنظمة ذات العلاقة باختصاصاتها، و اقتراح تعديل المعمول به منها، ورفعها لاعتمادها وفق الإجراءات النظامية المتبعة.

4.    إعتماد اللوائح الفنية الخاصة بالأنشطة و الممارسات المرافق.

5.    إقرار اللوائح الإدارية و المالية و غيرها من اللوائح الداخلية.

6.    إقرار الهيكل التنظيمي لها ورفعه لاعتماده وفق الإجراءات النظامية المتبعة.

7.    الموافقة على إنشاء فروع ومكاتب لها داخل المملكة.

8.    الموافقة على ميزانيتها السنوية، و حسابها الختامي و تقرير مراجع الحسابات و التقرير السنوي، تمهيداً لاعتمادها وفق الإجراءات النظامية.

9.    أعتماد التقرير السنوي لنشاطاتها.

10. تحديد المقابل المالي للتراخيص التي تصدرها الهيئة و الخدمات و الأعمال التي تقدمها.

11. تعيين مراجع حسابات خارجي، ومراقب مالي داخلي.

12. اعتماد التقارير الدورية التي تقدم  للمجلس عن سير أعمالها.